근대 이전에는 부간다 왕국 등 여러 부족 국가들이 번성했으나, 19세기 말 영국의 보호령이 되었다. 독립 이후 초기에는 정치적 안정을 찾는 듯했으나,
1971년 쿠데타로 집권한
이디 아민의 잔혹한 독재와 학살로 인해 국가가 큰 혼란에 빠졌다. 이 시기 경제는 파탄 났으며 수십만 명의 국민이 희생되는 비극을 겪었다.
1986년 요웨리 무세베니가 집권한 이후 상대적인 정치적 안정과 경제 성장을 이루어냈으나, 장기 집권에 따른 민주주의 후퇴와 인권 문제 등이 국제적 쟁점이 되고 있다.